Il complesso abbaziale è costituito dal monastero, dalla chiesa e dai chiostri. Nel chiostro centrale sono visibili le fondamenta dell’antica chiesa di San Martino; una breve scalinata introduce da qui nel cosiddetto chiostro dei benefattori, eretto intorno al 1510 su disegno di Antonio da Sangallo il Giovane.

La basilica presenta facciata moderna, impreziosita da tre portali bronzei: quello centrale
risale al 1066, mentre i due laterali sono novecenteschi.

L’interno riproduce la struttura dell’edificio barocco consacrato nel 1727, a croce latina, con tre navate separate da pilastri; anche il rivestimento marmoreo del pavimento riflette quello originale. Irrimediabilmente perduti sono gli affreschi della volta, di Luca Giordano, e il dipinto
dello stesso autore che rappresentava la consacrazione della chiesa nel 1071.
Gran parte dell’attuale decorazione pittorica è opera di Pietro Annigoni.